تتمحور مهام المركز الجامعي للإدماج والإفراق بجامعة صفاقس حول ثلاث محاور أساسية:
تطوير، مساندة ومرافقة القدرة المؤسساتية لدى الطالب وخريجي جامعة صفاقس.
تكريس الثقافة المؤسساتية.
التشجيع على تثمين بحث ومنتج الجامعة.